Ожидавшийся ответ адмирал Алексеев получил из СПб лишь 27 января, когда японцы начали уже военный действия и бомбардировали Порт-Артур! Причем он вновь был составлен столь расплывчато и не определенно, что его положения можно было трактовать как, с одной стороны, перекладывание на плечи Наместника бремени окончательного решения, так и с другой, желательности избежать международной ответственности за инициативу открытия враждебных действий.
Оглядываясь назад, становится очевидным, что имея в виду ясно выраженное Государем горячее желание Его "избавить Россию от ужасов войны", адмирал Алексеев лишен был возможности что-либо предпринять и должен был проявить крайнюю осторожность в своих действиях, чтобы посылкою эскадры к Корейским берегам не повести к вооруженному столкновению с Японией, которого в Петербурге избегали до самого последнего момента.
Такое отношение Алексеева к депеше министерства иностранных дел, полученной им 25 января, нашло себе затем подтверждение в правительственном сообщении о разрыве дипломатических сношений, успокоительно заявлявшем, что таковой не означает еще начала войны. В общем, роль Алексеева в ходе переговоров с Японией ограничилась лишь совещательным участием его в них и ролью передаточной инстанции дипломатических бумаг, которыми наше Министерство Иностранных Дел обменивалось со своим представителем в Токио и с токийским кабинетом.
По существу же, представления, сделанные Алексеевым в СПб, проникнуты были духом твердого, энергичного отпора притязаниям Японии на Маньчжурию, деятельной военной подготовки к возможным с ее стороны агрессивным действиям, к захвату в них инициативы.
Вера в благоприятное "разрешение кризиса", царившая в Петербурге, сделала также то, что все мероприятия по усилению нашего военного положения на Дальнем Востоке осуществлялись крайне экономно, не спеша, без сознания их крайней необходимости и неотложности.
Имея в виду неравенство в условиях мобилизации России и Японии и тревожное положение политических дел уже летом 1903 г., адмирал Алексеев считал необходимым иметь всегда под рукою не менее 50 тысяч войск и для этого сформировать новых 44 батальона пехоты, соответственно сему увеличить количество кавалерии и артиллерии, усилить гарнизон Порт-Артура, приблизить войска к району сосредоточения армии и придать им новую "стратегическую организацию".
Но на совещаниях, происходивших в Порт-Артyре в июне 1903г., под председательством Военного Министра, генерала Куропаткина, все эти пожелания подверглись сокращению: вместо 44 батальонов предположено было сформировать лишь 22, а формирование особого Квантунского армейского корпуса признано было и вовсе... ненужным! В октябре же 1903 года адмирала Алексееву предложено было отказаться от одного из 2-х армейских корпусов предназначенных к перевозке в Маньчжурию в случае войны. А когда он на это не согласился, то число формируемых батальонов было сокращено с 22 до 18, формирование 9-й Восточно-Сибирской стрелковой бригады предположено было сделать путем выделения батальонов из состава других Восточно-Сибирских стрелковых бригад, и отложено до весны 1904 года!
Сокращены были также испрашивавшиеся Алексеевым кредиты. Вместо 12 миллионов рублей единовременно и 17 миллионов в течение 6 лет, Особое Совещание под председательством графа Сольского признало более целесообразным "предусмотреть потребности военного ведомства лишь на ближайшее время"(!) и потому ассигновало на усиление обороны Дальнего Востока на истекавший 1903 и предстоящий 1904 годы сверхсметным кредитом - по 3 миллиона рублей, а на 1905 год - 6 миллионов рублей. Несмотря на все тревожные для мира признаки, Алексееву только в первых числах января 1904 года разрешено было расходовать этот 3-миллионный кредит...
Такое же отношение встречали в Петербурге и требования Алексеева относительно усиления боевой готовности Тихоокеанской эскадры. Еще за два года до войны, и затем регулярно, Начальник доносил об огромном некомплекте в личном составе эскадры, но последний так и не был пополнен к началу войны. Пополнение некомплекта снарядов к орудиям эскадры производилось крайне медленно и несообразно положению вещей. С огромной канцелярской волокитой производилось создание на месте средств, необходимых для починки судов. Так, в течение 3 лет не мог быть утвержден в Петербурге план устройства порта в Порт-Артуре, и он переходил из одной финансовой или технической комиссии в другую, между тем как в Дальнем порт вырос быстро и Министерство Финансов не пожалело на него денежных затрат. К постройке сухого дока в Порт-Артуре можно было приступить лишь в начале 1903 года, и также после неоднократных напоминаний и ходатайств. По соображениям экономическим, для эскадры было введено положение так называемого "вооруженного резерва", сократившее кредиты на плавание и практическую стрельбу.
Таким образом, нося громкий и ответственный титул "Наместника Его Императорского Величества на Дальнем Востоке", Алексеев, в действительности, вследствие междуведомственной розни трех министерств, имевших непосредственное отношение к делам далекой окраины, и бюрократической централизации управления ею, лишен был реальной полноты власти! В результате чего естественной, к сожалению, реакцией со стороны лучшей части нашего офицерского корпуса, стало и всколыхнувшееся с началом войны мнение о непосредственной виновности адмирала Алексеева в падении уровня боеготовности флота.